食品工程学院经三十余年发展，走过了一段漫长、曲折又波澜壮阔的发展之路。本着对历史负责的态度，在继承中创新，促进教育事业发展的初衷，我们总结梳理学院一路走来的重要历史节点，回首不忘来时路，初心不改行致远。

 1994年成立的食品工程系，开设乳品工艺专业，实行“2+1”办学模式。

 2000年黑龙江大学东方学院本科分部招收生物工程（食品工程与营养卫生）专业本科学生。

 2002年设立环境技术与管理专科专业。

 2002年设立食品检测技术与管理专科专业。

 2003年7月15日成立食品与环境工程学部。

 2003年，教育部正式批准升格为本科普通高等学校，正式开设食品科学与工程专业。

 2003年，食品科学与工程（乳品工程方向）本科专业与国家乳业工程技术中心合作，实行“3+1”办学模式。

 2004年开设环境工程本科专业。

 2005年开设生物工程本科专业。

 2006年开设应用化学本科专业。

 2010年《食品微生物学》课程被评为黑龙江省级精品课。

 2010年食品科学与工程专业基础课教学团队获批黑龙江省级教学团队。

 2011年国务院学位办正式批准我校工程类别食品工程领域专业硕士研究生培养资格，成为全国首批获得硕士专业学位培养资格的五所民办院校之一。

 2011年食品科学与工程专业获批黑龙江省“十二五”重点专业。

 2011年农产品加工及贮藏工程学科获批黑龙江省级重点建设学科。

 2011年开设高分子材料与工程本科专业。

 2012年开设乳品工程本科专业。

 2012年与国家乳业工程技术研究中心合作成立联合乳品学院，共同培养本科和专业硕士研究生。

 2012年“黑龙江东方学院-国家乳业工程技术研究中心 工程实践教育中心”获批国家级大学生校外工程实践教育中心。

 2014年开设食品质量与安全本科专业。

 2019年食品科学与工程专业获批黑龙江省一流专业建设点。

 2021年食品与环境工程学部改为食品工程学院。

 2021年食品工程学院与黑龙江飞鹤乳业股份有限责任公司共建飞鹤乳业现代产业学院。

 2022年飞鹤乳业现代产业学院获批黑龙江省首批现代产业学院建设点。

 2022年学院“培养乳品行业应用型人才的特色专业群建设与实践”获得黑龙江省教育教学成果奖二等奖。

 2023年学院党总支获批黑龙江省民办高校党建“标杆院系”，学生第三党支部获批“样板支部”。

 2023年学院党总支获批黑龙江省基层党建示范点。

 2025年学院化学与环境工程系教师党支部获批黑龙江省民办高校党建“样板支部”建设单位。